MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB3

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008388	TTA	2	6	207	212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008388	CGT	2	6	233	238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008388	CTT	2	6	245	250	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008388	TGC	2	6	279	284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008388	TGC	2	6	333	338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008388	TCT	2	6	519	524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008388	AT	3	6	563	568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008388	GAA	2	6	586	591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008388	CCA	2	6	596	601	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_008388	TGCG	2	8	3250	3257	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008388	TCCG	2	8	3293	3300	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_008388	GC	3	6	3308	3313	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008388	AACC	2	8	3352	3359	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008388	CGG	2	6	3361	3366	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008388	CAG	2	6	3713	3718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008388	GC	3	6	3721	3726	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_008388	ATT	2	6	3730	3735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008388	GAGGG	2	10	3748	3757	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008388	AAATC	2	10	5456	5465	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_008388	GTC	2	6	5466	5471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008388	T	6	6	5573	5578	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008388	AGC	2	6	5584	5589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008388	AGG	2	6	5611	5616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008388	GGC	2	6	8785	8790	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008388	ACT	2	6	8851	8856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008388	AAC	2	6	8906	8911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008388	CGC	2	6	8937	8942	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_008388	CA	3	6	9027	9032	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008388	TCAT	2	8	9044	9051	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008388	TAC	2	6	9120	9125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008388	GCT	2	6	9137	9142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008388	GC	3	6	9179	9184	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008388	CTTG	2	8	9193	9200	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_008388	CGAG	2	8	9220	9227	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008388	TCT	2	6	9230	9235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008388	GGA	2	6	9267	9272	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008388	TCC	2	6	9275	9280	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_008388	CTC	2	6	9322	9327	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_008388	GAA	2	6	9330	9335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008388	AT	3	6	9434	9439	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008388	GCT	2	6	9440	9445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008388	CT	3	6	9444	9449	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008388	CTT	2	6	9516	9521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008388	CAA	2	6	9540	9545	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008388	TGCCC	2	10	9670	9679	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_008388	AGT	2	6	10312	10317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008388	GCG	2	6	10362	10367	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008388	CCG	2	6	10371	10376	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_008388	TTTC	2	8	14850	14857	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_008388	TGT	2	6	15839	15844	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008388	ATTT	2	8	15905	15912	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008388	GGC	2	6	15999	16004	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008388	CA	3	6	16007	16012	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_008388	CATCC	2	10	16045	16054	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_008388	CTT	2	6	16072	16077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008388	AGG	2	6	16097	16102	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008388	TGC	2	6	16105	16110	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008388	ACC	2	6	16155	16160	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_008388	ATC	2	6	16227	16232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008388	GAA	2	6	16273	16278	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008388	CCG	2	6	16343	16348	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_008388	AGT	2	6	16372	16377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008388	CTT	2	6	16396	16401	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008388	CAC	2	6	16446	16451	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_008388	GCG	2	6	16478	16483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008388	TTC	2	6	16523	16528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.